Bon je me suis un peu documenté sur la config d'apache...
Donc co-chef, pour ton bazard dans /home/user/public_html avec la directive userdir, ça n'a pas l'air possible d'après ce que j'ai lu et d'après les questions que g posées sur irc.  Il restera toujours le ~ au début du nom.  De toute manière je ne pense pas que ça soit la meilleur solution, car userdir ne permet pas des directives comme alias, scriptalias, ou customlog.
La meilleur solution, et la plus sérieuse serait de mettre tous nos sites sous virtualhost.  Le problème c'est que virutalhost veut absolument des noms de domaines différents, donc il faudra créer un dns chaque fois qu'on ajoute un site.  Il y a peut-etre moyen de créer une table des dns directement sur le serveur mais ça je sais pas trop comme ça va.  Le problème avec ça c que tous les sites seront accessibles via lesite.fede-ulg.org et plus fede-ulg.org/lesite (faudra rediriger)
Ben voilà sinon l'autre solution, c'est de laisser la config actuelle, avec le super grep pour récupérer les logs de chaque site, et pas de répertoire cgi...