Le serveur était totalement mort.  Je pense que c'est à cause des rootkits qui ont été exécutés.  La plupart des programmes dans /bin donnaient une segfault, ce qui fait que la plupart des autres programmes qui en dépendent ne fonctionnaient plus.  Ca a foiré au reboot (forcément) : il y avait des gros problèmes dans les chargement des modules et apache ne voulait plus démarrer, ce qui fait que l'ordi était bloqué au boot.
G pris une knoppix, enlevé la plupart des services au démarrage (apache, cron, ...), puis g réussi à booter.  C là que ça devenait marrant, parce que pas moyen d'utiliser ls (par exemple) et pas moyen de réinstaller les packages parce que apt-get était pas d'accord. après qqs chipotages, g opté pour la méthode offensive : g été dans le rep ou apt-get stocke tous ses .deb et g fait "dpkg -i *"
et hops ça a marché...  mais bon maintenant ya plus aucunes dépendences qui correspondent sur le serveur et il est bon à réinstaller. 
Pour le moment apache tourne, mais ce n'est que temporaire.  Il faudra tout refaire et tout sécuriser (utiliser le safe mode en php)
J'ai qd meme eu très peur...